正確的處理樣本是確保ELISA檢測的正確性和準確性的一步，下面簡單介紹一下不同類型的樣本的處理辦法。
血清
血清是常用于ELISA檢測的一類樣本，處理也比較簡單。
用無熱原、無內毒素的試管或離心管收集血液標本，將試管或離心管室溫放置2小時或4℃一個晚上，使血清分出。（將試管或離心管歪斜放置，使液面橫截面增大，能使血清更大程度的分出。）4℃ 1000×g離心20分鐘，細心搜集上清。主張將血清分裝多份，-20℃或-80℃保存，防止重復凍融。采血過程中應防止溶血，由于紅細胞裂解時會開釋具有過氧化酶活性的物質，在以HRP為符號的
人鼠elisa試劑盒檢測中會有非特異性的顯色，而導致檢測的不準確性。一起也應防止細菌污染，由于菌體內可能含有內源性的HRP然后導致檢測的假陽性。
安排勻漿液
1）將安排樣本用PBS (0.01錨點錨點M, PH 7.4) 沖刷，洗去安排外表殘留的血液或雜質。
2）將安排塊稱重，記錄后剪碎，碎塊應盡量小，便于勻漿得更充沛
3）將安排按必定的份額參加預冷的PBS（臨用前參加蛋白酶抑制劑）勻漿，勻漿時置于冰上或冰浴中。
4）吸取勻漿液到離心管，4℃ 5000×g 離心5~10min，取上清，-20℃或-80℃保存，防止重復凍融。
尿液、唾液等其他液體生物樣本
1000×g離心20min，取上清即可檢測。總的來說，由于ELISA只能檢測可溶性蛋白的含量，所以應確保一切樣本均為澄清的液體，沉積或懸浮物都應離心去除。為了確保檢測的準確性，保存于-20℃或-80℃的樣本在1~6個月內檢測；4℃保存的樣本應在1周內進行檢測。
細胞裂解液
1）吸去培育板內的培育基，用胰酶消化細胞，加適量培育基將細胞從培育板上吹下來。懸浮細胞可省略。
2）搜集細胞懸液，1000×g離心10min，棄去培育基，用預冷的PBS潤洗3次。
3）參加適量的預冷PBS或細胞裂解液（臨用前參加蛋白酶抑制劑）重懸細胞。一般6孔板一個孔的細胞量需求150~250μL PBS重懸。
4）將樣品放入-20℃或-80℃，使樣品冷凍，再放室溫解凍樣品，重復凍融幾回，使細胞充沛裂解。也可將樣品進行超聲破碎，以到達裂解的意圖。
5）4℃ 10000×g 離心10min，除掉細胞碎片，取上清，-20℃或-80℃保存，防止重復凍融。
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