各種細菌所具有的酶系統不盡相同，對營養基質的分解能力也不一樣，因而代謝產物存在差別。以此用生理生化試驗的方法檢測細菌對各種基質的代謝作用及其代謝產物，從而鑒別細菌的種屬，稱之為細菌的生理生化反應，上海滬鼎生物為您介紹幾種細菌鑒定中常見的生理生化反應原理：
1.糖（醇）類發酵試驗
不同的細菌含有發酵不同的糖（醇）的酶，因而發酵糖（醇）的能力各不相同，產生的代謝產物也不同：有的產酸產氣，有的產酸不產氣。指示劑溴甲酚紫，pH5.2—pH6.8紫色，當發酵產酸時，培養基將由紫變黃。產氣可由杜氏小管中有無氣泡來證明。
2.甲基紅試驗（M.R試驗）
甲基紅試驗，pH4.4紅色～pH6.2，是用來檢測由葡萄糖產生的有機酸，如甲酸、乙酸、乳酸等。有些細菌分解糖類產生丙酮酸，丙酮酸進一步反應形成甲酸、乙酸、乳酸等，使培養基的pH降低到4.2以下。有些細菌在培養的早期產生有機酸，但在后期將有有機酸轉化為非酸性末端產物，如乙醇、丙酮酸等，使pH升至大約6。
4.靛基質試驗
某些細菌，如大腸桿菌，能產生色氨酸酶，分解蛋白胨中的色氨酸，產生靛基質，靛基質與對二甲基氨基苯甲酸結合，形成玫瑰色靛基質。
5.硫化氫試驗
某些細菌能分解含硫的氨基酸，產生硫化氫，硫化氫與培養基中的鐵鹽反應，形成黑色的硫化鐵沉淀，為硫化氫試驗陽性。
6.明膠液化實驗
明膠在25度以下可維持凝膠狀態，以固體狀態存在，而在25度以上時明膠就會液化。有些微生物可產生一種成為明膠酶的胞外酶，水解這種蛋白質，而使明膠液化，甚至在4度仍能保持液化狀態。
7.檸檬酸鹽利用試驗
有的細菌如產氣桿菌，能利用檸檬酸鈉為碳源，因此能在檸檬酸鹽培養基上生長，并分解檸檬酸鹽后產生碳酸鹽，使培養基變為堿性。此時培養基中的溴麝香草酚藍指示劑pH6.0(黃)～7.6(藍)，由綠色變為深藍色。
8.淀粉水解實驗
細菌水解淀粉的過程可以通過底物的變化來證明，即用dian測定不再產生藍色。
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